پس از ایجاد بسترهای شناختی در دوره دوم، دوره سوم با عنوان «برنامه اصلاح نظام اداری در دولت چهاردهم»، مرحله ورود به هسته عملیاتی و کانون تحولات اجرایی است. این دوره مشتمل بر ۶ محور تخصصی و مسئله‌محور است که هر کدام به تبیین یکی از محورهای کلیدی برنامه دولت چهاردهم اختصاص یافته است. هدف از طراحی این دوره و محورها، عبور از کلی‌گویی و دست‌یابی به نقشه راهی دقیق برای اصلاح ساختار و معماری کلان دولت، مدیریت استراتژیک سرمایه انسانی، توسعه دولت هوشمند، ارتقای سلامت اداری، بهبود کیفیت خدمات و در نهایت، جهش در بهره‌وری نظام اداری است.
در این دوره، کارگزاران اجرایی با بهره‌گیری از تحلیل‌های دقیق، چالش‌های پیش‌روی هر محور را واکاوی کرده و با ابزارهای نوین مدیریت دولتی آشنا خواهند شد. این دوره نه تنها دانش فنی مجریان را در ۶ حوزه حیاتی دولت ارتقا می‌دهد، بلکه با ایجاد رویکردی یکپارچه، پیوند میان این محورها را به مثابه اجزای یک سیستم واحد به تصویر می‌کشد. شرکت در این دوره، شرط لازم برای دستیابی به زبان مشترک و هم‌افزایی میان نهادهای اجرایی جهت پیاده‌سازی موفق سند تحول اداری در دولت چهاردهم است.